Contudo, a Advocacia-Geral da União (AGU) alertou Barroso sobre a decisão de Nunes Marques, levando o ministro a proferir uma nova decisão, determinando que a União prossiga com as operações previstas no plano de desintrusão da TI Apyterewa. Barroso é relator de uma ação aberta pela Associação do Povos Indígenas do Brasil (Apib) e foi responsável por determinar a elaboração e a execução do Plano de Desintrusão das Terras Indígenas Apyterewa e Trincheira Bacajá. Segundo o ministro, a ordem para a execução do plano não deveria estar sujeita a decisão revisional de outro ministro, reafirmando a necessidade da reintegração.
A situação na região não se restringe apenas a questões judiciais. Desde o início da operação de desintrusão das terras indígenas Apyterewa e Trincheira Bacajá, o governo federal tem realizado apreensões de agrotóxicos, madeira ilegal, armas de fogo, drogas e gado criado de forma ilegal. Além disso, a Polícia Federal prendeu o presidente de uma associação de trabalhadores rurais acusado de incentivar a invasão das áreas indígenas.
A operação, que entrou em sua segunda fase no início de novembro, visa não apenas a retirada de pessoas que estão irregularmente dentro dos territórios tradicionais, mas também o combate a atividades ilegais, como extração de madeira e garimpo. Estima-se que mais de 3 mil invasores estejam presentes na região, o que torna a situação ainda mais complexa.
Dessa forma, a determinação de Barroso demonstra a continuidade da luta pelo respeito aos territórios indígenas e a proteção das comunidades tradicionais, em meio a um cenário de tensões e conflitos que envolvem interesses econômicos e sociais. A decisão do STF traz à tona a importância do respeito aos direitos indígenas, em um contexto onde a preservação ambiental e a proteção das populações tradicionais se tornam temas centrais de debates e embates políticos.