Após diversos atrasos na obra, a estação, construída pela estatal CPTM, finalmente se torna uma realidade para os moradores dos bairros do extremo sul da capital, como Varginha, Vila Natal, entre outros. O processo de licitação para a construção da Estação Varginha teve início em 2013, durante o governo de Geraldo Alckmin, porém diversos problemas impediram a contratação e execução da obra.
A obra da Estação Varginha exigiu um investimento de R$ 163 milhões e faz parte de um plano maior de investimentos na extensão da Linha 9 – Esmeralda, totalizando R$ 950 milhões em recursos federais, estaduais e municipais. A nova estação irá operar inicialmente de forma assistida, com monitoramento dos sistemas e equipamentos por um período de 90 dias.
Durante a fase de operação assistida, as viagens serão realizadas até a estação Bruno Covas/Mendes-Vila Natal, de segunda a sexta-feira, das 10h às 14h, sem cobrança de tarifa. Os usuários devem utilizar o acesso leste da estação pela avenida Nathália Pereira da Silva. Após o período de operação assistida, o acesso oeste, o bicicletário e o pátio de manobras da estação serão finalizados.
Além disso, está prevista a construção de um terminal de acesso semelhante aos de outras estações da cidade, como as da linha 4 do metrô, que compartilhará linhas com o terminal urbano Grajaú e tem previsão de entrega em 2026. A Estação Varginha contará com três passarelas para facilitar o acesso dos passageiros.
