Desde o dia 28 de fevereiro de 2023, Bretas está afastado de suas funções, visando evitar qualquer possibilidade de interferência nas investigações, que também tiveram seu prazo estendido por mais 90 dias, a partir de 2 de fevereiro. Um dos processos disciplinares foi instaurado a partir de uma representação da Ordem dos Advogados do Brasil (OAB), que acusa o juiz de obstruir o acesso a documentos pelas defesas e manipular processos para ficar com a relatoria de ações que deveriam ser julgadas em outras jurisdições.
Além disso, a OAB alega que Bretas teria negociado penas, orientado advogados e combinado estratégias com o Ministério Público, conforme um acordo de delação premiada firmado por um advogado. No entanto, a colaboração do advogado foi arquivada em dezembro pelo Tribunal Regional Federal da 2ª Região por falta de provas.
Outra acusação contra Bretas é de perseguição política, feita pelo prefeito do Rio de Janeiro, Eduardo Paes, que alega que o juiz teria favorecido o então candidato Wilson Witzel nas eleições para governador em 2018. A terceira reclamação foi aberta pelo ex-corregedor nacional de Justiça e investiga possíveis irregularidades na prestação de serviços judiciais sob responsabilidade de Bretas.
Os processos contra o juiz correm em sigilo no CNJ e após a instrução dos processos administrativos disciplinares, Bretas terá oportunidade de apresentar sua defesa. Enquanto esteve à frente da Lava Jato, Bretas condenou 183 pessoas, de 887 denunciadas pelo Ministério Público Federal. No entanto, diversas dessas condenações foram anuladas em instâncias superiores, incluindo sentenças contra o ex-governador Sergio Cabral.
O juiz nega qualquer irregularidade e aguarda o desdobramento dos processos disciplinares para se defender das acusações.