O general é um dos 37 indiciados pela Polícia Federal em um inquérito que investiga supostos envolvimentos em planos de um golpe de Estado. Segundo as investigações, uma reunião que discutia um plano para impedir a posse e assassinar o presidente Luiz Inácio Lula da Silva, o vice-presidente Geraldo Alckmin e o ministro Alexandre de Moraes do STF, teria ocorrido na residência de Braga Netto em novembro de 2022.
Posteriormente, Braga Netto usou sua rede social para negar veementemente qualquer envolvimento em golpes ou planos de assassinato, rebatendo a mídia que apontava “golpe dentro do golpe” como uma tese fantasiosa. Sua defesa também se manifestou contra a falta de acesso ao relatório da Polícia Federal entregue ao ministro Alexandre de Moraes e criticou o vazamento de informações para a imprensa.
De acordo com a nota divulgada, o general Braga Netto ressalta seu comprometimento com valores e princípios inegociáveis, mantendo sua lealdade ao presidente Bolsonaro desde o governo passado. A defesa acredita que o devido processo legal esclarecerá a verdade dos fatos e as responsabilidades de cada indivíduo envolvido nos inquéritos em questão. Por fim, fica a dúvida levantada sobre quem se beneficia com as alegações fora do contexto do inquérito, que ainda não foram oficialmente disponibilizadas para as partes interessadas.